Крільчатник і клітини необхідно регулярно очищати від скупчується гною, залишків їжі, підстилки. Для цього треба мати спеціальний інвентар: скребки, жорсткі щітки, віники, мітли, лопати, відра, ящики. Металевим скребком очищається підлогова решітка. Гній, забруднені залишки їжі і підстилки згрібають в підставлений під клітку невисокий ящик або довгастий таз, які для зручності встановлюють на низьку візок. Потім решітка піднімається або зовсім видаляється з клітки, і згрібається накопичився під нею гній. Щоб при цьому перебувають у клітині кролики не заважали прибирання, їх переганяють до іншого відділення клітини, а лаз закривають фанерною засувкою. Таким чином по черзі очищають всі клітини, а потім підмітають підлогу крільчатника. Для прискорення збирання гною з клітки під підлогову грати можна встановити піддони з жерсті або дощок і фанери, на які провалюється між рейками решітки гній. Якщо піддон дерев'яний, то його дно вистилається поліетиленовою плівкою для запобігання дощок від розбухання і розшарування фанери.
Спочатку очищається решітка клітки, потім висувається піддон і накопичився в ньому гній витрушує в тару або через спеціальний люк в стіні крільчатника прямо в компостну яму, влаштовану зовні. Два рази на рік, особливо в сире час (весна та осінь), клітини треба дезінфікувати. Дезінфекція проводиться різними методами. В особистому господарстві найбільш простим і ефективним способом є обробка крільчатника, клітин, інвентарю вогнем. Для цього застосовується звичайна паяльна лампа або газовий пальник. Добре вичищені дерев'яні частини клітини обробляються вогнем до легкого побуріння. При цьому треба дотримуватися виняткову обережність, інакше можна спалити не тільки свій крільчатник і будинок, але і споруди сусідів. Ніколи не паліть у крільчатнику. З хімічних речовин найбільшого поширення набула хлорне вапно, яке застосовується у вигляді 10% розчину, яким за допомогою мочальним або інший широкої кисті обробляють стіни крільчатника, клітки та інвентар. Клітини, інвентар, годівниці та поїлки можна обробляти і зольним лугом, який добре вбиває хвороботворні мікроби, але абсолютно нешкідливий для кроликів. Готується наступним способом.
У киплячу воду додається чиста деревна зола (1 / 3 частину обсягу води) і кип'ятиться 20-30 хвилин. Потім розчин потрібно процідити через 2-3 шари марлі, проціджений луг знову довести до кипіння і гарячим відразу ж обробити клітини та інвентар. Є багато інших дезінфекційних речовин, які можна придбати в ветеринарній аптеці. Стіни крільчатника, зовнішні частини клітин корисно покрити розчином гашеного вапна. Дерев'яні годівниці обробляйте за допомогою вогню паяльної лампи, а металеві, скляні і керамічні частини автокормушек і автопоилок краще вимити і прокип'ятити. Особливо ретельно очищаються і дезінфікуються клітини перед посадкою в них знову придбаних кроликів і при кожній пересадці, перед масовими окролу і при інфекційних захворюваннях кроликів.
Нехтувати санітарною обробкою крільчатника, клітин та інвентарю у жодному разі не можна. Інакше це може обернутися великою бідою. Завжди треба пам'ятати, що запобігти хворобі кролів легше, ніж їх лікувати. Вже краще витратити кілька годин на обробку, ніж витрачати місяці на лікування. Багато заразні і хвороботворні мікроби, що викликають хвороби та падіж кроликів, зберігають свою життєздатність протягом кількох місяців. Занесена в крільчатник хвороба може повторитися, виникнути навіть після повної зміни поголів'я. Не допускайте вогкості в клітинах і в крільчатнику. Брудні і мокрі підлоги та решітки клітин сприяють виникненню таких небезпечних захворювань, як інфекційний стоматит («мокра мордочка»), пастерельозу, стафілококозу, кокцидіоз та інші. Кролики охайні тварини. З часом у них стійко виробляється звичка спорожняти шлунок і сечовий міхур в строго визначеному місці клітини. Особливо дотримуються вони чистоту в темному відділенні, де відпочивають. Зазвичай кролики вибирають місце для туалету в одному з кутів біля задньої стінки клітини. При цьому обирають найвище місце. Знаючи все це, можна легко привчити кроликів до місця, яке ви самі їм виберете. Для цього грати в потрібному кутку, краще біля дверцят, кілька підніміть, підставивши під неї дерев'яний брусок необхідного перерізу, а на самі грати покладіть трохи калу кроликів, що спонукатиме їх оправлятися саме в цьому місці. Це буде сприяти чистоті в клітці і полегшить її прибирання. Чистота в клітках і в крільчатнику, нормальна вологість, хороша освітленість та вентиляція приміщення - запорука здоров'я ваших кроликів, гарного їх розвитку і розмноження.